Bisturí de silicio

Nos mudamos 2003-09-05
Hola a todos, después de muchísimos meses.


He decidido mudar esta "bitácora" a este lugar: www.juliobonis.com/portal/



Las razones son varias, entre ellas que ahora que controlo mi servidor puedo hacer más cosillas, y además así libero un poco de peso de los servidores de blogalia, que tan amablemente RVR nos cede a los blogalitas.


Ahora solo me queda averiguar como puedo sindicar mi nueva dirección con blogalia.

¡Nos vemos en nuestra nueva ubicación!



Enviado por jbonis a las 17:06 | 0 Comentarios | Enlace
Curso online sobre toma de decisiones en medicina 2002-09-12
http://www.sjdm.org/~alansz/courses/mhpe494/, ala, a disfrutarlo con salud.

Enviado por jbonis a las 12:29 | 1 Comentarios | Enlace
La toma de decisiones 2002-09-03
La medicina es un asunto de toma de decisiones. El personal sanitario toma decisiones constantemente (¿le mando una radiografía a este paciente que tiene una espina de pescado clavada en la garganta?, ¿le doy la dosis de recuerdo de la antitetánica a este paciente? ¿le doy tratamiento antibiótico a esta infección de vías respiratorias altas? ¿le mantengo a este paciente la respiración asistida? ¿informo a la familia? ¿le mando al especialista o a su casa?), los pacientes también toman muchísimas decisiones (¿voy al médico o no voy? ¿voy a urgencias o al centro de salud? ¿me tomo la pastilla que me han recetado o la tiro por el sumidero? ¿le oculto al médico esta información? ¿me opero la miopía con laser? ...).
Sería interesante por tanto estudiar el proceso de toma de decisiones. Este no es sino un proceso psicológico en el que influyen bastantes factores.

La idea central es que si conocemos como funciona el proceso de toma de decisiones, podremos tratar de encontrar los puntos donde este proceso puede ser mejorable, esto es los puntos donde se produce un error.

Los errores médicos son una importante causa de muerte y enfermedad en los paises desarrollados (en los desarrollados no porque no tienen asistencia sanitaria en muchos casos y si no hay médico este no puede equivocarse).

Conocer donde se produce el error y las causas de este error es el paso previo necesario antes de diseñar sistemas que traten de disminuir el error médico mediante el apoyo a la toma de decisiones.

Si sabes alemán quizá te interese este documento de introducción a la toma de decisiones clínicas.
Un libro fundamental en este campo es "Thinking and deciding" de Jonathan Baron.
Un concepto importante en el campo de la toma de decisiones en medicina es el de razonamiento heurístico. Una heurística es una regla, ayuda o información que nos facilita la búsqueda de una solución.

Enviado por jbonis a las 01:58 | 0 Comentarios | Enlace
Algoritmos genéticos 2002-08-09
Imaginemos que tenemos que programar un robot de 4 patas para que camine.

Una opción es estudiar como debería mover las cuatro patas (primero la delantera izquierda avanza 45º y luego la trasera derecha avanza 30º.... y así).

Pero ¿qué pasa si tenemos que programar robots de 4, 5, 6, 2 patas, cada uno con patas diferentes?. ¿y si resulta que le enseñamos a caminar sobre cesped pero luego cuando le ponemos sobre arena se atasca?. ¿y si queremos que aprenda a subir escaleras?.

Una alternativa es utilizar algoritmos genéticos. Estos se basan en la ley de la selección natural y las mutaciones.

Supongamos que generamos al azar dos combinaciones de movimientos. Es decir, el robot por sí solo empieza a mover las patas sin ton ni son con dos estrategias diferentes (generadas al azar).

Luego decide cual de las dos es mejor (¿con cual avanzo mejor?) y la selecciona. Introduce entonces una pequeña variación (mutación) y la compara con la original.... ¿cual es mejor?... y así sucesivamente.

Al final, teóricamente, debería seleccionarse la mejor combinación. El robot es capaz de aprender por sí solo mediante una estrategia de ensayo error.

Más sobre algoritmos genéticos:

http://directory.google.com/Top/Computers/Artificial_Intelligence/Genetic_Programming/

Enviado por jbonis a las 11:40 | 0 Comentarios | Enlace
Herramientas de ayuda a la toma de decisiones 2002-08-02
Desde que en Abril entré a formar parte del Laboratorío de Informática Médica del IMIM no he tenido practicamente tiempo para enviar mensajes a esta bitácora.

Para lo que sí he tenido tiempo es para aprender, y mucho, con el proyecto al que estoy adscrito: SMARTIE (Smart Medical Applications Repository of Tools for Informed Expert decision).

El proyecto SMARTIE consiste en el desarrollo de herramientas de apoyo a la decisión clínica basados en computador. La idea fundamental del proyecto es que desarrollar un complejo sistema experto (por ejemplo el PNEUMONIA) es menos útil que disponer de miles de pequeñas herramientas de ayuda al diagnóstico puntuales. Esto entronca en cierto modo con la computación distribuida y la idea de los sistemas multiagente (tema en el que querría desarrollar próximas investigaciones y quien sabe si mi tesis doctoral).

Un sistema experto hablando en plata es un sistema informático que puede resolver problemas como lo haría un experto. El desarrollo de sistemas expertos es algo muy complejo, por lo que el truco está en deliminar muy bien los límites del problema, para así poder controlar la mayor parte de los parámetros. Un ejemplo de sistema experto podría ser aquel que nos indica el mejor antibiótico a utilizar en una pneumonía adquirida en la comunidad (no nosocomial), como el caso de PNEUMONIA. Para el desarrollo de sistemas expertos se utilizan redes Bayesianas y lógica difusa.

Un sistema experto es una herramienta de apoyo a la decisión (DST Decision Support Tool), muy compleja. Ahora imaginemos que tenemos cientos o miles de DST pequeñitas, circunscritas a problemas aún más concretos. Por ejemplo tenemos una calculadora del "índice de masa corporal" que nos ayuda a hacernos una idea de si una persona está obesa o desnutrida. Tenemos la escala de Ranson que nos ayuda a saber la gravedad y pronóstico de una pancreatitis no alcohólica. Y así sucesivamente.

¿Qué estrategia será mejor? Los sistemas expertos se han mostrado realmente útiles en entornos experimentales, pero no así en la práctica (diferencia entre eficacia y eficiencia). Las causas de la poca utilidad en entornos reales son múltiples, pero entre ellas destaca la escasa aceptación por parte del clínico. De nada sirve tener una herramienta de apoyo a la decisión si no se usa (por su complejidad de uso) o si los resultados de usarla no modifican la toma de decisiones posterior (lo cual ocurre cuando el clínico no se fía del sistema experto, entre otras cosas porque no es capaz de advertir como funciona por dentro).

El proyecto SMARTIE pretende dotar al clínico de DSTs pequeñas pero de eficacia comprobada en entornos clínicos reales (validadas). Se pretende que estén disponibles en multiplataforma (PC, Internet, PDA). Es de esperar que así el médico tenga acceso a la herramienta en el momento en que la necesita. Además el objetivo es que la DST sea sencilla de utilizar y que el médico sea capaz de comprender su funcionamiento interno (con lo que confiará en los resultados de la DST).

No es tarea fácil desde luego, pero sin duda apasionante.




Enviado por jbonis a las 00:51 | 1 Comentarios | Enlace
2002-07-15

Enviado por jbonis a las 08:33 | 1 Comentarios | Enlace
. 2002-05-27
.,

Enviado por jbonis a las 20:14 | 2 Comentarios | Enlace
Resumen del mes de Abril 2002-05-23
Con algo de retraso aquí tienen el resumen de mes de Abril de artículos publicados sobre informática médica. No son todos los que están, ni están todos los que son, pero son una buena muestra.

Nada más y nada menos que 147 artículos, lo cual hace que estar al día empieze a ser algo difícil.

De entre todos ellos he seleccionado los siguientes, que pueden leerse online:

Estudio de factores de riesgo postural en usuarios de computadoras (1) y (2).

Modelo informático de la célula ductal del páncreas. (1)

Hand-arm vibration syndrome may be associated with prolonged use of vibrating computer games. ¡Cuidado con la playstation! (1)

Computer-Aided Measurement of Cell Shortening and Calcium
Transients in Adult Cardiac Myocytes. Bricolaje celular


Enviado por jbonis a las 13:35 | 1 Comentarios | Enlace
Requisitos del software médico 2002-05-13
Si estás pensando en desarrollar un software para uso en medicina es interesante leer este documento de la FDA.

http://www.fda.gov/cdrh/comp/guidance/938.html

Enviado por jbonis a las 10:43 | 0 Comentarios | Enlace
La importancia de las especificaciones. 2002-04-26
Cuando los clínicos se ponen a desarrollar software, normalmente no conocen la "metodología". Normalmente piensan que "informática" = "computadoras", y se imaginan que los informáticos están todo el día tecleando código.

Lo que no saben los clínicos (porque nadie les enseña) es que el desarrollo de software no es como hacer una cesárea, sino que se parece más a construir una casa.

Hacer una cesárea es algo más o menos "automático". Se aplican unos parámetros y se decide: "hacemos cesárea". A partir de ahí, salvo complicaciones raras, es todo bastante mecánico: 1) corto por aquí, 2) coso por allá.

Los ingenieros informáticos (si son verdaderos profesinoales) dedican un 60-70% a trabajar con papel y lapiz y un 30% a "teclear en el computador". Primero hacen los planos y luego construir la casa es algo "sencillo" (como hacer la cesárea).

Pero los informáticos en el campo biomédico se encuentran con un problema: "no conocen el terreno". Saben que tienen que hacer planos, pero no saben como tienen que ser esos planos, ni si la casa tiene que tener ventanas, así que construyen software (casas) que luego los inquilinos (usuarios) encuentran incómodas.

Los médicos saben como les gustaría que fuera su casa (software) pero no saben hacer planos. Así que cuando se proponen hacer una casa se ponen directamente a levantar muros, pero en cuanto el muro alcanza un poco de altura la casa se derrumba. Cuando no se derrumba (con mucha suerte) el problema es que la casa (programa) al final tiene las paredes torcidas y no se parece a lo que habían imaginado.

¿Soluciones?

Enviado por jbonis a las 14:51 | 5 Comentarios | Enlace
Unos cuantos enlaces 2002-04-21
Aquí van unos cuantos enlaces sobre informática médica:

American Medical Informatics Association
International Medical Informatics Association
Healthcare Information and Managment Society
Healthcare Informatics Online
American Health Information Management Association

Enviado por jbonis a las 10:28 | 1 Comentarios | Enlace
Caducidad de los conocimientos 2002-04-18
Hoy estaba reflexionando acerca del hecho de que puesto que la curva de conocimientos tiene un crecimiento exponencial, el tiempo de vida útil de estos conocimientos cada vez es menor.

Hablando con una chica que este año empieza la licenciatura en biología cai en la cuenta de que todos los libros que yo utilizé para estudiar esas materias hace tan solo 5 años, se consideran hoy libros desfasados.

Cada vez será más necesario contar con herramientas que nos permitan reciclar nuestros conocimientos en un campo tan cambiante como el de la biomedicina.

Enviado por jbonis a las 16:25 | 1 Comentarios | Enlace
Un camello que estudiaba guisantes. 2002-04-14
Es conocida la costumbre de los proyectos de software libre a adoptar un animal como mascota. Si para linux es el pingüino, para Python la serpiente python y para Gnu el Ñu, el lenguaje de script por excelencia (PERL) tiene como mascota a un camello ¿o dromedario?.
El proyecto BioPerl desarrolla software libre para el estudio de la genética (que empezara aquel monje llamado Mendel con sus guisantes). En concreto se trata de una serie de módulos escritos en Perl con funciones utilísimas para todos los estudiosos de la bioinformática. ¡Y lo mejor es que son libres!.

Enviado por jbonis a las 00:49 | 0 Comentarios | Enlace
Resumen del mes de Marzo. 2002-04-09

Cada vez se publica más sobre informática médica, conforme este área científica va ganando en importancia.



Como cada mes, aquí tenemos un resumen de lo que se cuece por MedLine acerca del tema "Medical Informatics".



Algunos han montado una base de datos sobre cataratas y se han encontrado con el problema de que al final los médicos no rellenan los datos, tema recurrente ya en Bisturí de silicio. Otros nos tratan de tranquilizar demostrando la seguridad de la telecirugía robotizada , o al menos no produce más daño a nivel tisular que la cirugía tradicional, en un interesante estudio comparativo.


Se están utilizando computadores para enseñar anatomía a estudiantes de medicina, y parece que aprenden más que con el método tradicional. Otros se entretienen en simular el mecanismo fisiológico detrás del síndrome del QT largo, provocado por mutación en el canal de sodio.


Otros usan los computadores para recordar al médico cuando está indicado dar la vacuna de la gripe, y parece que la cosa mejora la salud de los pacientes. Se ha presentado la base de datos sobre biología del tumor en ratones, que es pública y ayudará en la investigación de la genética del cancer.


En EEUU están muy preocupados con eso de que los pacientes-usuarios puedan elegir el hospital en base a criterios de calidad, así que publican una clasificación de hospitales en Internet, como una especie de Tabla de clasificación.

El British Medical Journal nos dedica en su número del 9 de Marzo un especial sobre la calidad de la información médica en Internet.


En algunos servicios de urgencias se ha conseguido informatizar todo el servicio, en un interesante artículo nos comentan los resultados y dificultades de esta implantación. Las redes neuronales pueden ayudarnos a distinguir neoplasias en lesiones colorectales o pulmonares. También mediante sustracción digital tridimensional se puede ver si se ha embolizado bien una aneurisma intracraneal.


Hacer un resumen de todos los artículos publicados sería una dura tarea. He seleccionado los 57 más interesantes aquí


Enviado por jbonis a las 17:59 | 0 Comentarios | Enlace
¿Por qué no rellenan los malditos formularios? 2002-04-02

En un interesante artículo, Jeremy Clark, reflexiona sobre su experiencia como Asesor de Sistemas de Información para el gobierno de Namibia.


En los sistemas sanitarios existen una serie de datos que son recogidos por los "profesionales de campo". Tenemos por ejemplo la lista de EDOs (Enfermedades de Declaración Obligatoria). Entre las EDOs está la gripe.


Supuestamente cada vez que un médico de familia diagnostica un caso de gripe debería rellenar un formulario para notificarlo al "sistema". A un nivel superior de la organización los epidemiólogos analizan el conunto de datos y dicen "hay epidemia de gripe".


Pero esos formularios muchas veces se rellenan mal o simplemente no se rellenan. ¿Por qué?.


Quizá la respuesta sea que los que deciden qué datos se han de recoger son "los de arriba". Luego los resultados y conclusiones obtenidas del análisis de esos datos no llegan de vuelta al "médico de familia". Resulta que el que tiene que rellenar los datos no saca nada útil de este esfuerzo. Conclusión: no pierde el tiempo en rellenar unos datos que no va a utilizar.


Enviado por jbonis a las 16:14 | 2 Comentarios | Enlace
Aplicando modelos 2002-04-02

Cuando queremos saber como está funcionando el corazón disponemos de algunas herramientas como el fonendo (para escuchar las valvas cerrándose y los soplos), el electrocardiograma (uno de esos maravillosos inventos por lo sencillo de la idea, que merecio un Nobel), y últimamente la ecografía doppler (que utiliza el efecto doppler para estudiar el flujo de la sangre).


Un médico con pericia puede detectar en qué zona está fallando el corazón y por qué el paciente sufre síncopes cada vez que sube unas escaleras. Y además puede hacerlo de una manera racional, aunque con una gran dosis de empirismo.


¿Qué pasa si lo que queremos es estudiar el sistema de información de un hospital?. Confieso que durante la formación recibida en la facultad de medicina nunca me hablaron de ninguna herramienta que sirviera para eso. Pero como tengo mentalidad de médico supongo que algo debe existir, y si no tendremos que inventarlo.


Mi colega Carlos, el ingeniero jefe del Dpto. de Tecnologías de la Información de re.crea me comenta algo acerca del "Proceso Unificado de Desarrollo" y en concreto del UML (Unified Model Language). Así que me pongo a buscar por aquí y encuentro bastante información al respecto.


El mejor sitio para empezar a buscar es la sección del directorio Google dedicada al UML.


La "biblia" del UML es su página oficial desde donde empezamos a profundizar en todo este asunto.


En la propia uml.org nos comentan que el UML es una especie de "lenguaje" para expresar los resultados, pero no un método de análisis de sistemas de información. El UML sería algo así como la aguja y el papel milimetrado donde se escribe el electrocardiograma. Todos los médicos conocemos qué significa un QRS ancho en una fibrilación, o que las ondas P se relacionan con la estimulación eléctrica de las aurículas.


Sin embargo antes de ser capaces de usar el UML debemos seleccionar la metodología para el análisis del sistema. Hay muchas, al parecer y cada una preferible según el sistema que estemos estudiando. Podemos encontrar una lista grande aquí.


¡Y yo que pensaba que aprender a leer electros era complicado!



Enviado por jbonis a las 01:38 | 2 Comentarios | Enlace
La solución correcta al problema equivocado. 2002-03-26

En informática médica a veces ocurren desastres. Como por ejemplo cuando un aparato de radioterapia mató a decenas de pacientes por un error de programación. O cuando una organización se gasta unos cuantos millones de euros para desarrollar una tecnología que luego nadie usa.


¿Cual es la causa de estos desastres? El Dr. Sthalhut nos ofrece su interesante visión en Medical Technology "Disasters" and How to Avoid Them


Nos encontramos con dos errores comunes:



  1. A veces tenemos una buena respuesta, pero hemos hecho la pregunta equivocada. Damos solución a un problema inexistente. Esto suele ocurrir cuando en vez de partir del problema partimos de la solución: "guaaaauuuuuu, fíjate como mola esto de los teléfonos móviles con conexión a internet. Vamos a hacer un sistema que nos de información sobre primeros auxilios por el movil"... ¿no es más fácil llamar al servicio de urgencias?.

  2. A veces el problema está bien identificado, y el error está en que la solución es "rara" o poco útil en la práctica. Por ejemplo los videodiscos, eran muy grandes, y había que darles la vuelta para seguir viendo la película.

Enviado por jbonis a las 12:31 | 1 Comentarios | Enlace
La bitácora de hispamed, en Diario Médico 2002-03-24

Hoy buscando por la red, he topado con una agradable sorpresa. Resulta que en la edición del 31 de Enero de 2002 de Diario Médico se habla del proyecto hispamed.org y en concreto de esta bitácora, que llaman foro. El enlace que aparece pertenece a nuestro antigua dirección, así que he tenido que redireccionar a los incautos.


Cosas agradables, cuando dicen "El foro está muy actualizado y es una fuente excelente de información para los facultativos interesados en tecnología.


Lo único malo es que me han llamado "periodista", que según en qué contexto puede sonar a insulto... :). Resulta que en vez de médico soy periodista y mi compañero Carlos Hernández de ingeniero pasa a ser el reportero más dicharachero.


Enviado por jbonis a las 03:12 | 3 Comentarios | Enlace
Sistemas de Información, poder y relaciones en las organizaciones. 2002-03-23

Navegando por ahí, he encontrado un bonito artículo titulado Information systems, power and organisational relations.


En este artículo se comenta la implantación en un hospital neozelandes de un sistema de información para la gestión clínica.


Entre otras cosas comenta la importancia de los sistemas de información en las organizaciones y como estos influyen en las formas de trabajo. Como la tecnología influye en la organización y al revés. Comenta la inherente resistencia al cambio que es uno de los grandes problemas en la implantación de sistemas de información en entornos sanitarios.


Se me ocurre que sería interesante desarrollar (o encontrar) una metodología que nos permitiera estudiar de manera sistemática un sistema de información. Al igual que un médico realiza una exploración física sistemática para diagnosticar una enfermedad, a lo mejor existe algun método establecido para estudiar un sistema de información y diagnósticar "su enfermedad".


Probablemente los economistas, sociologos y los antropólogos tengan mucho que aportar en este campo. Seguramente contarán con metodologías desarrolladas para el estudio de estos asuntos relativos a la "organización".


¿Dónde buscar?



Enviado por jbonis a las 02:13 | 1 Comentarios | Enlace
Cosas de la lógica 2002-03-15

Estoy ahora mismo estudiando el librito de lógica matemática. La asignatura se presenta bastante interesante, aunque ya me estoy empezando a cansar de tanto "(p V q) ^ (r V s) -> s"


Algo interesante que he aprendido es que parece que toda la lógica matemática se puede resumir en dos "conectivas": la negación y la disyunción.


En otras palabras, que todo razonamiento lógico formal se puede realizar con dos operaciones:

  1. Negando (¬)
  2. Obligando a elegir un camino entre dos (V)


Si por ejemplo tenemos las siguientes proposiciones: p = "Juan tiene una glucemia basal en ayunas de 160" y q="Juan tiene diabetes" podríamos decir cosas como:



  • ¬q (Juan no tiene diabetes)

  • p (Juan tiene glucemia > 160)

  • q V ¬q (Juan tiene diabetes O Juan no tiene diabetes)
  • p -> q (si p entonces q)...


Lo asombroso es que p->q se puede expresar usando solo (¬,V) diciendo que ¬p V q (Juan no tiene hiperglucemia o Juan es diabético). ¡¡¡ p->q = ¬p V q !!!


En la mayoría de los casos los médicos en el proceso diagnóstico utilizamos la "lógica". Cosas como "si esto entonces aquellos", o "la cirugía está indicada sí y solo sí el tumor es maligno y NO hay metástasis" (cirugía <-> maligno ^ ¬ metastasis).....


En esto se fundamenta el uso de los "protocolos". Lo fabuloso es cuando uno descubre que puede escribir cualquier protocolo por complejo que sea usando solo "negaciones (descartar) o disyuntivas (A o B)


Claro que ¿cómo se aplica la lógica a los sentimientos de alguien enfermo?. :(


Enviado por jbonis a las 01:09 | 2 Comentarios | Enlace

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